Sedan myndighetens start 1 januari 2018 är det Lena Ag som är generaldirektör.

Ledningsgrupp
Jämställdhetsmyndighetens strategiska ledningsgrupp består av:
- Lena Ag, generaldirektör
- Peter Vikström, avdelningschef analys och uppföljning
- Berit Jernberg, avdelningschef nationell strategi för att förebygga och bekämpa mäns våld mot kvinnor
- Jane Isaksson, kommunikationschef
- Carina Abréu, avdelningschef stöd och samordning
- Lena Leed, administrativ chef och ställföreträdande generaldirektör
Den taktiska ledningsgruppen består av samma chefer som ovan, samt
- Anna Tingbäck, verksjurist
- Gunilla Annerstedt, ekonomicontroller
- Mari Johansson, verksamhetscontroller
- Mona Axelsson, HR-strateg
Insynsråd
Insynsrådet ska utöva allmänhetens insyn i verksamheten och ge generaldirektören råd. Generaldirektör Lena Ag är insynsrådets ordförande. Övriga medlemmar är:
- Ann-Christine Ahlberg, riksdagsledamot (S)
- Alán Ali, ordförande för organisationen MÄN
- Clara Berglund, generalsekreterare för organisationen Sveriges Kvinnolobby
- Josefin Malmqvist, riksdagsledamot (M)
- Peter Grönberg, VD Göteborg & Co
- Fredrik Lennartsson, avdelningschef Sveriges Kommuner och Regioner
- Mikael Ribbenvik, generaldirektör Migrationsverket
- Helene Odenjung, kommunalråd (L)