Flickor och kvinnor som blivit könsstympade kan vara traumatiserade och lida av olika former av psykosociala faktorer. En del flickor och kvinnor kan känna sig nedstämda eller må dåligt. Minnen från ingreppet kan finnas kvar, även om det skett långt tillbaka i tiden. En del flickor och kvinnor kan bli deprimerade eller nedstämda utan att förstå att det kan bero på själva könsstympningen. En del flickor och kvinnor vet inte om, eller kommer kanske inte ihåg, att de blivit könsstympade.
Könsstympning kan skada både fysiskt och psykiskt. Flickor och kvinnor som utsätts kan drabbas av följande besvär både direkt eller senare i livet: